龙神庙位于日照石臼嘴尖端，原名龙祠、威济庙，始建于宋元时期。《齐乘》记载：“石臼岛龙祠，胶州海边。宋绍兴三十一年封佑顺侯，锡（额）威济庙。完颜亮南侵，遣舟师由海道趍两浙，宋将李宝遇于胶西海口，祷于神祠，得风助顺，遂殪金师，故加封。”石臼神是供奉在石臼岛龙祠内的龙神，供奉“石臼神”的龙神庙位于胶州海边，即胶西石臼岛。
龙是古代神话传说中的神异动物，象征祥瑞，是中华民族最具代表性的传统文化之一。自宋代开始，龙作为海神进入了海的主宰领域。山东沿海设坛立庙，建造专门祭奉海中龙神的龙祠，并作为海神祭祀场所，在民间形成了广泛的影响力和感召力，海神祭祀成为人们农耕活动和海洋活动的重要内容之一。人们信奉祭祀海龙会产生“乞潮则滩场生盐，祷雨则禾稼茂盛，占风信则盐艘舸舰免狂涛之险”等灵验效果。石臼威济庙作为最古老的一所祭海龙祠“每逢旱碤，乡民赴龙神庙祈祷，无不立沛甘露。境内各海口商渔船只每遇风涛，虔求神佑，辄获平安。灵应昭著，地方倚赖，海口商渔人等崇奉尤虔。”龙神已经从雨神的领域扩展到海神的世界，并在日照石臼及东南沿海地域获得了崇高神明地位，被人们广泛祭奉和信仰。
宋史记载：“浙西总官李宝者，放舟苏洋径抵胶西泊石臼岛，与敌隔一山而北风甚盛，宝祷于石臼神，俄有风自柂楼中来，如钟铎声，众志咸，奋风驶舟，疾过山薄，敌浪卷烟焰，……见神龙之能，反风助顺，如响之应声”。因李宝祈祷时“龙王神灵应”，宋朝加封龙王神为“佑顺侯”，并赐殿“威济庙”。
龙神庙殿内二龙绕梁，神气逼真，院门刻有“长、朝”二字对联。“长长长长长长长”与“朝朝朝朝朝朝朝”。龙神面对大海日久天长，成为当地人民敬奉的海上神仙。宋将李宝与金国水军战于石臼之海，李宝向龙神祈祷，开创了中华龙神崇拜的最早历史，日照石臼成为中国龙神文化的最早发源地。自此，龙开始被列入海神谱系，成为中国传统文化的重要内容之一。
明清时期，江浙沿海常把海神转化为龙的形象，日照石臼得益于海上丝绸之路，受南方龙神崇拜文化的影响，“民曰：神主则百里之宰于其境内，山渎之神能为泽物，庇民而载在祭典者，皆得举而祀之矣。”龙神信仰在民间深深扎下了根，产生了深远影响。
清代李暶《知县吕补衮重修石臼龙神庙记》载：“照邑东偏为石臼岛，大海南东而至，澎湃滔漭，不可穷状。忽而石壁绵亘，横目万里，侧足千寻，欲观于海，必即其处云。海民候其能出云为风雨，见怪物，以为神龙所窟。夫太极不测奇聚一勺，神不于其涣而于其萃，理固然也。”“凡水旱瘟疫之灾，于是崇之祀典。
又云：为民御大灾则祀之，旱乾水溢御之，龙神固司雨旸之事。”“仁主爱民，恐其死于饥溺，故有邑宰之官；昊天生民，恐其死于水旱，故有龙神之司。”龙神庙具有“回天行之水旱，而致时和年丰之报哉。”人们把龙奉作雨水之神而予以祀祷，并将龙的神性逐渐扩展到海洋之中，成为东南沿海传说中的主宰之神。石臼龙神庙矗立在“海渎之畔”，享受石臼民众“洁宫而斋祀”之供奉，深受当地及其东南沿海民众敬仰。
石臼西南隅海岸边还是世传张果老、吕洞宾、何仙姑等八仙过海之地，海岸岩石上有留有仙人坐卧的痕迹，因名“八仙石”。清光绪八年（1882），湖北督粮道兼按察使日照涛雒人丁守存题书“天机鼓荡”，刻石以志；龙神庙前“石壁千寻，陡入海下，传为龙窟，澜翻渊渟，殊骇人目”。龙神庙东南有明朝真定府同知、日照人申安书写“海上碑”两幢；一曰“天风海涛”；一曰“万派潮宗”。石臼西南被考古界确认是四千年前新石器时代“龙山文化”早期典型遗址，成为日照石臼龙神信仰的重要文化渊源。
石臼龙神庙是随着北宋陆上丝绸之路受阻，海上丝绸之路兴盛而发展起来的。石臼自古乃商贾往来之所，海运繁盛。安徽桐城县人方正玭《石臼所观海》诗云：“江淮红粟达神京，转运都由石臼行。”特别是清康熙年间“开海禁”之后，石臼海上贸易更是繁荣兴旺，并逐渐成为齐鲁乃至东南沿海重要的商埠。内地土特产品，多集结于石臼码头，装船外运，通达各地。尤其渔汛期间，商贾往来，货轮萃焉，渔舟云集，成为近代我国海上丝绸之路重要的贸易货物港口，龙神信仰也随着海上贸易的发展传遍四面八方。