三官的信仰渊源甚古，它肇始于原始宗教的自然崇拜，道教承袭了原始宗教、古代宗教的精神文化遗产，故依始之初便将三官纳入信仰的神系中，成为治理天地三界的主神。
三官信仰肇始于原始宗教的自然崇拜
三官崇拜，本为氐羌民族的固有信仰。最早的地官，似为后土。《国语·鲁语》曰：“共工氏之霸九有也，其子曰后土，能平九州，故祀以为社。”最早的水官，即为河伯，则为氐羌之祖伯夷。
《海内北经》说：“昆仑虚南所，有汜林方三百里，从极之渊深三百仞，维冰夷恒都焉。冰夷人面，乘两龙。”郭璞云：“冰夷，冯夷也。”
《庄子·大宗师》：“冯夷得之，以游大川。”这位河伯，盖古黄河水神。殷墟卜辞中所见河神的祭典相当隆重，可知其神话之渊源相当古老。
《洞神八帝妙精经》谓人皇人面龙身，姓恺名胡桃，主领天、地、水三官，“将天地水三官兵万万九千人，主治一切七世父母、三曾五祖三鬼五神、内外男女伤死客亡、堕水产乳、恶禽猛兽木石所杀、刑岳刀兵之鬼，为人作精祟者。”
陶弘景《真灵位业图》所载三官皆为氐羌族人：“三官都禁郎齐桓公，姓姜名小白；水官司命晋文公，姓姬名重耳。”
正因为这样，甘肃、云南等地的氐羌族人也都笃信三官。《晋书·姚苌载记》谈到杀了符坚后，“梦符坚将天官使者、鬼兵数百突入营中，苌惧，走入宫”，甚致“寤而谆悸”，狂言而死。这说明氐族符坚和羌族姚苌都崇信三官。
唐代，云南南诏（本为羌族）也崇信三官。樊绰《蛮书》卷十记载，唐德宗贞元十年（794）西川节度使韦皋派巡官崔佐时到云南，与南诏订盟，共击吐蕃。
《誓文》曰：“贞元十年，岁次甲戌，正月乙亥，五月己卯，云南诏异牟寻及清平官、大军将与剑南西川节度使崔佐时谨诣玷苍山北，上请天、地、水三官，五岳四渎，及管山谷诸神，同请降临，永为证据。”
三官在道教中为治理天地三界的主神
张陵天师道奉祀太上老君为主尊，在老君之下，有三官、太岁、将军、百鬼等众多神灵。三官，亦称三元，指天、地、水三官。
道教认为天官赐福，地官赦罪，水官解厄。考校天人功过，为司众生祸福之神。
张天师图清代纸本设色（北京白云观藏）
《元始天尊说三官宝号经》：“上元一品赐福天官，紫微大帝；中元二品赦罪官，清虚大帝；下元三品解厄水官，洞阴大帝。”并称“得道神仙，皆从三官保举；下方生人，但持三官宝号，能除厄难”。
清徐道《历代神仙通鉴》卷四载元始曰：尧舜禹皆天地莫大之功，为万世君师之法，本自三元真气，今敕为三官大帝。
东晋《太上洞玄灵宝三元品戒功德轻重经》详述三官大帝分设宫曹，以考校世人之事。经中宣称，上元一品天官，元气始凝，三光开明，结青黄白之气，置上元三宫。第一宫名太玄都元阳七宝紫微宫，紫微宫又置左右中三府，左府主生，太阳火官考之；右府主死，太阴水官考之；中府主生死罪录风刀之考。
三官大帝图 清代 绢本设色（北京白云观藏）
三府各领官僚九千万众，总统生死罪福一十二曹官。第二名太玄都元黄太极左宫，太极左宫又置左右中三府，左府主生，太阳火官考；右府主死，太阴水官考；中府主生死罪录风刀之考。
第三名太玄都洞白太极右宫，太极右宫又置左右中三府。左府主生，太阳火官考；右府主死，太阴水官考；中府主生死罪录风刀之考。三府各领官僚九千万众，总统生死，罪福报应，及百姓男女名品仙格。
中元二品地官，元洞混灵之气，凝极黄之精，置中元三宫。第一宫号洞空清灵宫，一号明晨武城宫，置左右中三府。左府号耐犯明晨府，主生，太阳火官考；右府号纣绝阴天府，主死，太阴水官考；中府号七非恬照府，主生死罪录风刀之考。
第二宫名南洞阳宫，一号宗天宫，宫置左右中三府。左府号谅事府，主生，太阳火官考；右府号宗灵府，主死，太阴水官考；中府号灵纽神府，主生死罪录风刀之考。
第三宫名北酆宫，一号阴天宫，宫置左右中三府。左府号连宛泉曲府，主生，太阳火官考；右府号泰杀九幽府，主死，太阴水官考；中府号罪气咸池府，主生死罪录风刀之考。
地官帝君图 南宋 绢本设色（美国波士顿美术博物馆藏）
三宫三府，统一十四曹，合四十二曹，并治山洞空玄之中，普统地上五岳四维八极神仙真人神灵，已得道过去及未得道见在福中，及百姓男女灭度生死功过罪福簿籍之事。
应生者言左宫，应仙者言中宫，应死者言右官。上下相应，功过生死年月日数，毫分无失。
《太上三元赐福赦罪解厄消灾延生保命妙经》曰：每至七月十五日中元节时，地官即下地狱，开度亡魂。与狱囚地狱受苦众生消除罪簿，绝灭恶根，削去死名，注上生籍，凡逢赦者，皆获超度，出离地狱，永离苦难，径往人天，超生浄土，快乐无量，无挂无碍。
下元三品水官，洞元风泽之气，晨浩之精，置下元三宫。第一宫号旸谷洞源宫，一曰青华方诸宫，总主水帝旸谷神王，九江水府河伯、神仙诸真人、水中诸大神，已得道过去未得道、及百姓子男女人仙簿录籍。
宫分三府。左府号清元灵渊府，主生，太阳火官考；右府号九水寒夜府，主死，太阴水官考；中府号朔单青灵府，主生死罪简风刀之考。第二宫名北酆都宫，一名罗酆宫，总主水中积夜死鬼谪役年劫，及百鬼万灵事，百姓男女应死简录黑簿。
水官帝君图 南宋 绢本设色（美国波士顿美术博物馆藏）
宫置左右中三府。左府号开度劫量府，主生籍，太阳火官考；右府号泉曲鬼神府，主死籍，太阴水官考；中府号通灵大劫府，主生死罪简，风刀之考鬼神事。
三府合四十二曹，并治九江洞室，统三河四海九江水府、淮济四渎水帝神王、河伯诸大圣，水中一切神灵，已得道过去及未得道者、百姓男女功过罪福简籍之事，及死者长徒作役，水府万灵鱼龙鲸鲵精物大小劫会之期。
上元一品九炁天官紫微帝君，凭碧琳之几，秉青玉之珪，左右神仙列班侍卫。
《太上太玄女青三元品戒拔罪妙经》卷上曰：上元一品九炁天官紫微帝君，即延生之符始阳之炁结成至真，处玄都元阳七宝紫微上宫碧霞之殿，五云之座紫金之床，凭碧琳之几，秉青玉之珪，左右神仙列班侍卫。其上元之宫，纵广五千万里，并皆青玄之气结成其宫。
总主上真自然玉虚高皇上帝，诸天帝主、上真真仙，及国主、大臣、皇后、皇妃、诸王、太子、百官眷属、天下人民，一切贵贱罪福之由……其紫微宫中，复有左右中三府。左府主生之官，则太阳火官考之。右府主死之宫，则太阴水官考之。中府主生死罪福之官，则风刀考之。
天官帝君图 南宋 绢本设色（美国波士顿美术博物馆藏）
三府总计三十六曹，各领官僚九千万众，并于上元之夕，考较大千世界之内，十方国土之中，一切生死罪福缘对报应之由，众等虔诚，人各恭敬。右三十六曹仙官，则太玄女青真人所掌、属紫微之宫。每府各一考官、一千二百考吏、一万二千考兵，一十二万考士。总主人天已得道过去及未得道者，见在福中，国主大臣、诸天太子、皇后皇妃、百官宰辅，及善信男子、女人，功过罪福簿录，缘对考限之事。
至每年正月十五日，则上元天官紫微帝君，考较大千世界之内、十方国土之中，上至诸天神仙升降之籍、星宿临照国土分野兴亡之簿，中至国主贤臣、诸王太子、一切众生考限之期，下至鱼龙变化飞走万类，改易身形，升沈年月。
至于三涂之内，九府之中，罪对之名，年劫之限，其内合得生为人者，则当削名长夜之府，列字左宫之中。其内合为诸色，邪魔鬼神之者，则当刻限右宫，书名黑簿，俟其数满，又复改形，随其业力高下不同，受报各异。
天官赐福，地官赦罪，水官解厄。《太上三元赐福赦罪解厄消灾延生保命妙经》曰：每至七月十五日中元节时，地官即下地狱，开度亡魂。与狱囚地狱受苦众生消除罪簿，绝灭恶根，削去死名，注上生籍，凡逢赦者，皆获超度，出离地狱，永离苦难，径往人天，超生浄土，快乐无量，无挂无碍。
三官巡游图 马麟 南宋 绢本设色（台北故宫博物院藏）