1912年中华民国成立，民国政府认为道教是一种迷信组织，由江西总督府取消了天师的封号，没收其田产，天师府一落千丈。期间，袁世凯复辟帝制，在民国三年复授62代天师张元旭以“正一嗣教大真人”，颁“正一真人印”，赐以“三等嘉禾章”和“道契崆峒”的匾额。
其后，吴佩孚召之于洛阳，孙传芳召之于江宁，天师之势一度复张。行踪常现于京津沪各地。民国初期上海曾酝酿成立中华民国道教总会，62代天师张元旭应邀到上海出席了“中国民国道教总会”发起人会议，并被推举为“万国道教会”名誉会长。
63代张恩溥天师嗣教后，也曾经受到过蒋介石的召见，民国16年（1927年），蒋介石派人修缮大真人府，并恢复“嗣汉天师府”的名称。纵观民国时期的天师道，就官方来说，已远远没有了历朝的礼遇，加上日寇入侵，国家混乱，内战不断，风雨飘摇，天师道也是一蹶不振。1949年，63代天师张恩溥在同乡国民党海军总司令桂永清的安排下，辗转去了台湾。
自鸦片战争以后的近百年来，中国一直是内战不断，外强凌辱，社会混乱，民不聊生，天师府也一样处于风雨飘摇之中。1930年，大上清宫失火，殿宇楼阁，大部分化为灰烬；1947年，龙虎山正一观又遭火灾，到解放初期，只有天师府的头门，二门，大堂，私第门，三省堂，后堂，玄坛殿，味腴书屋，万法宗坛，法箓局等建筑存在，并且破败不堪。
从1949到1982年的30余年中，天师府先后被上饶地区教师进修学校（1978年改为上清师范，1982年改为贵溪三中），江冶十一队等单位占用。宗教活动停止，只留下两个道士负责保护文物。
下面介绍一下这两位道长：
1、汪月清 生于光绪十三年（1887），从小跟父亲学道，62代天师张元旭嗣教时，汪月清已经17岁了，由于精通道法道术，经常随天师外出建醮作法，协助张元旭天师到上海筹建“中华民国道教总会”。民国十三年（1924）63代天师张恩溥嗣教，他全心全意协助天师弘道护法，抗日战争胜利后，龙虎山天师府举行了五天六晚的太平罗天大醮，汪月清也参与其中，为首席法师之一。
1956年11月，他作为正一派的代表，参加了在北京召开的中国道教协会筹备委员会，同年被聘为江西省政协委员。1957年4月，中国道教协会正式成立，他当选为副会长。他为保护龙虎山道教文物作出了一定的贡献。1961年当选贵溪县人民代表，同年因病去世，终年75岁。
2、曾习勤 生于光绪二十三年（1897），法名宏省，江西贵溪余家乡人。他出生于道教世家。民国八年（1919）由62代天师亲授法箓，后被 63代天师聘为法官。
1949年因故土难离，并未应天师之邀同去台湾。1957年4月中国道协成立，当选为理事。1961年11月在第二次全国道协代表大会上继续当选理事，同时被聘为江西省政协委员，当选贵溪县人民代表。为保护龙虎山道教文物作出了一定的贡献。1965年被错划为右派，1968年在“文化大革命”中含冤自杀，终年72岁。
1983年4月，国务院（国发[1983]60号文件）将嗣汉天师府列为全国21座重点保护并对外开放的宫观之一，天师府大规模修复工程拉开序幕。是年，贵溪县成立“天师府修复领导小组”，尔后又成立了“贵溪县上清嗣汉天师府管理委员会”。从1985年至1990年为第一阶段，这一阶段主要是清理和规划，在省、市各级党政、宗教部门的关怀下，完成了上清师范和贵溪三中的搬迁工作。1991至2000年为第二阶段，大规模修复和重建天师府古建筑群，先后重建了头门，二门，玉皇殿，三清殿，恢复了天师殿，财神殿，灵官殿。2000年底又竣工了法箓局和玄坛殿。至此，天师府占地面积达到5万余平方米。建筑面积达2.3余平方米。基本上恢复到明清鼎盛时期的规模。2001年以后，是进一步完善和扩建的阶段。新建了仪门，完成了水、电、消防、卫生等配套设施，重建了敕书阁，至此，以中轴线为基准的大规模修复工程全部完成。
2、队伍建设与业务培训
1987年，天师后裔张金涛经中国道教学院进修后回到嗣汉天师府任主持，除了肩负全面修复天师府宫殿之外，另一艰巨的任务就是恢复道教组织、组建道士队伍。他首先礼请天师府原来的老道长重回天师府工作，如何灿然、汪少林、邱裕松等。
其次是整理科书法仪，将中断数十年的科仪法事进行逐步恢复；结合科仪法事，又进行了道教音乐队伍的重建和音乐知识的培训。从1991年起，通过海外弟子首次恢复授箓，选派道士到苏州、上海进行学习交流，选派人员赴武汉音乐学院培训，天师府科仪音乐队伍得到恢复，正常的宗教活动得以延续。
3.宗教活动与对外交往
嗣汉天师府为正一派弟子传度授箓是道教1700余年的历史传统，直至清末民国，因战乱不息，才不得不中断。1991年10月，应新加坡、马来西亚、台湾等地正一派弟子的请求，经国务院宗教事务局和中道协批准。嗣汉天师府恢复了对海外弟子的授箓活动。这是近百年来首次举行的一项重大宗教活动，在海内外引起了轰动。中国道协和地方政府对这次活动十分重视，国内兄弟省市如上海市道协，苏州道协也派来道士，协助法事如仪进行。
尔后，对海外弟子授箓已成定例，每年“下元节”均在天师府举行。到目前为止，天师府先后为台湾、新加坡、香港、马来西亚、印尼还有美国、葡萄牙、日本等国家和地区的正一弟子授箓近5000人次。
1995年12月，国内正一派弟子授箓活动在天师府举行，来自国内九省一市的道士200余人参加了授箓。这也是近百年来的第一次。至此，宋元以来的“三山合一”的局面得到重现。
天师府举行的重大宗教活动，主要有“罗天大醮”、“祈福消灾大醮”、“平安大醮”等等。如香港回归、澳门回归、新世纪到来（世纪钟声），消灾的如非典、海啸、地震等大灾难，均要举行祈福禳灾大醮。（斋：法也，戒也。醮，祭也）
在对外交往方面，主要有道教文化、科仪法事、道教音乐等方面的交流，以及重大节日、庆典的友好往来等内容。自1992年以来，在张金涛道长及全体道众的努力下，天师府多次参加或主持海内外重大教务活动，并树立了良好的形象。
我们相信，在党和国家宗教政策的指引下，龙虎山道教必将以蓬勃的气势，迎来全面的复兴。